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朱翊钧让李时珍返京，除了要利用这个时代为数不多具有科学素养的大脑之外，还要利用他喜欢考证、钻研的性格，从事对牛痘的研究。

明代嘉靖初年之后，天花在帝国广泛流行。朱翊钧在万历二年初曾经接奏报，宁国府有医名傅思川者，掌握“人痘熟苗”之法，以为小儿种痘获利，“百余小儿种痘，仅一、二不存。”

朱翊钧不知道的是，从傅思川手中流传出去的人痘术，简直是以光速传播到阿拉伯世界，又把西方从天花肆虐中给挽救了出来。

人痘曾经被大哲学家伏尔泰这般评价：“我听说一百年来，中国人一直就有种痘的习惯；这是被认为全世界最聪明、最讲礼貌的一个民族的伟大先例和榜样。”在西方思想启蒙发生之时，若没有傅思川的人痘术，不知多少人才将死于天花病毒。

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这奏报提醒了朱翊钧，必须将牛痘在帝国的普及提上日程。他知道天花是人类消灭的唯一一个传染病，也知道其疫苗来源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的脓液来种痘，是否可行。

于是他将傅思川从宁国府召入京师，指导一番后，令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法来源于其祖上，自己并无科研能力，用摆弄人痘的方法来从事牛痘的藏苗和贮苗，无一成功。

此时，朱翊钧又想起了李时珍，即下令锦衣卫湖广局寻找他，并让他进京——但因为湖广局开始时没跟李时珍说清楚，到了八月底李时珍才进京接了这个任务。

比李时珍提前进京的，还有“医圣”万全万密斋、精通外科的陈实功等多名此时已经名显当世的医学大家。

万全虽此时已经年逾古稀，但在皇帝谕旨召唤之下，还是将包括《内科要诀》、《幼科发挥》、《育婴秘诀》在内的《万密斋医书十种》包在行李内，和六个徒弟一起带到了京城。