Neil陷入了深思，虽然他追寻妹妹的初衷并不是为了解决时空问题，但是他内心深处明白，只有抽丝剥茧的一步步揭开谜底，才能真正找到妹妹。
他这个人，从小漂泊，一生放浪爱自由，再加上妹妹的骤然消失，Neil始终对时空管理局并不信任，他并不想成为他们的特工。他渴望自由和独立，更希望能够以自己的方式行动，解决沉渊的谜团。
在他们回到时空管理局的总部后，Neil偷偷潜入了机房。他破解了许多安全措施，绕过了监控系统，成功进入了时空管理局的核心数据库。
在那里，他发现了许多被时空管理局隐藏的信息。他愕然地发现，时空管理局并不是像表面上那样只是守护时空的组织，他们还有着其他的目的和计划。
Neil自从决定独自行动以来，就成为一名自由的“黑帽”——一个孤独的行动者“时空旅人0091”，专门追踪和破解时空线中隐藏的真相，揭露各种组织的阴谋。
他通过自己的时空穿梭能力，跳跃到各个不同的时空线中，寻找沉渊的线索。他发现，沉渊并不仅仅存在于一个时空线中，它似乎在每个时空线中都有着不同的形式和影响。
然而，他的行动并没有逃脱时空管理局的注意。他们派出了特工女和一支特别小队去追捕Neil。特工女内心矛盾，她既是时空管理局的一员，也对Neil有着复杂的感情。
特工女穷追猛打，但Neil展现了惊人的反应能力和战斗技巧。他巧妙地穿行于时空线之间，躲避了特工女的追捕。
再一次追与逃的过程中，他们找到了一个古老而神秘的地下室，它盖满了尘埃，看上去已经被遗忘了无数年。特工女透过尘埃中透出的微弱灯光，看见了一个似乎熟悉又想不起来哪里见过的图案。
Neil却一下子就认出来了，这是他从一个荒郊野外再一次解救被绑的白芷的那个黑漆漆的晚上，白芷狼狈的一路奔逃，跳上他的车的时候，从她身上被绳子勒过的痕迹当中，掉下的一角丝帕上的类似某个家族族徽的图案。
当时他们和研究了许久，也没有得出关于这个图案的线索。
目前看起来，这个图案，很可能与沉渊有关，或者就是他们的图腾。
这之后，Neil又发现了一个关键的线索，沉渊的真身似乎就藏在时空管理局总部的某处地下深处。他并不知道，时空管理局的内部的那些特工们，是否知道这个惊天秘密。