屠杀从早上持续到晚上，超过一百万的玉龙杰赤百姓全部被杀光，窝阔台才下令收刀，全军返回城墙上，生火做饭、进行休整。

次日凌晨，窝阔台召集军事会议。窝阔台说，据哨探来报，有十多万守军还躲藏在百姓家中不出来参加户口清查，要作困兽之斗，我们的火箭石块消耗完了，强攻的话，可能造成我军很大伤亡，必须的想一个万全之策才行。

术赤和郭宝玉皆沉默不语。

察合台却说，我有一法，或许可行。

窝阔台说，什么办法？

察合台说，我想起父汗率领我们第三次进攻西夏的情景，我们可以使用水功，定能大获全胜！

窝阔台说，我想的也是此法。

于是窝阔台等人率领蒙古军队来到阿姆河，窝阔台命令攻城步兵掘开阿姆河河提，将河水引入内城。

窝阔台站在河对岸，看见无数的花剌子模守军从废弃的房屋跑出来，很多被淹死，有些识水性的想游往东桥对岸，也被蒙古骑兵放箭射死。

至此，玉龙杰赤被蒙古军队全面占领，城内一百五十万余军民几乎全部被杀。

遵照成吉思汗旨意，术赤作为术赤汗国国王，带着他的直属万人队留在了玉龙杰赤，他自己可能也没有想到，这一留下来就是永远。